Quy trình quản lý đăng bài ở Tạp chí Khoa học Đại học Đông Á được thực hiện trên hệ thống phần mềm quản lý trực tuyến. Tạp chí bình duyệt ngang hàng (peer-review) bởi hai chuyên gia phản biện độc lập với các bước cụ thể như sau:

Bước 1: Tác giả nộp bài thông qua hệ thống quản lý trực tuyến của tạp chí.

Bước 2: Thư ký tạp chí kiểm tra định dạng, hình thức của bài báo, theo thể lệ của Tạp chí. Bài viết đạt yêu cầu về hình thức được Thư ký gửi đến Trị sự để đề xuất với Tổng Biên tập phân biên tập viên chuyên trách đúng lĩnh vực chuyên ngành bình duyệt ban đầu (pre-review). Nếu bản thảo bài báo chưa trình bày đúng với thể lệ của tạp chí, Thư ký gửi lại tác giả đề nghị chỉnh sửa.

Bước 3: Biên tập viên được phân công đánh giá sơ bộ ban đầu bản thảo bài báo như sự phù hợp giữa tiêu đề và nội dung của bài viết, dung lượng bài báo, cấu trúc, từ khóa, tóm tắt bằng tiếng Việt và tiếng Anh, tài liệu tham khảo, cách trình bày hình ảnh, bảng biểu, công thức, tính toán. Thời gian để kiểm tra, bình duyệt ban đầu không quá 15 ngày kể từ ngày đầu tiên bản thảo được gửi đến ban biên tập. Đối với các bản thảo bài báo không đạt yêu cầu về khoa học, học thuật, biên tập viên đề xuất với Ban Biên tập từ chối bản thảo. Các bài báo đạt yêu cầu nội dung được biên tập viên đề xuất Tổng biên tập mời hai phản biện độc lập. Sau khi chỉ định phản biện, Thư ký tạp chí gửi bản thảo bài báo và yêu cầu phản biện đến chuyên gia phản biện thông qua hệ thống phản biện trực tuyến.

Bước 4: Tất cả các bản thảo không bị từ chối bởi vòng bình duyệt sơ bộ sẽ được phản biện kín bởi hai chuyên gia độc lập trong lĩnh của chủ đề bài viết. Các chuyên gia phản biện phải có ít nhất trình độ Tiến sĩ từ các cơ sở giáo dục, viện nghiên cứu hàng đầu Việt Nam hoặc chuyên gia nước ngoài. Thời gian để đánh giá bản thảo kể từ khi gửi cho các chuyên gia phản biện đến khi thông báo cho tác giả bản thảo kết quả phản biện không quá 60 ngày.

Bước 5: Sau khi có kết quả đánh giá của các chuyên gia phản biện độc lập, Thư ký sẽ gửi danh sách tổng hợp các ý kiến và đề xuất đến tác giả bản thảo. Tác giả sẽ dựa trên các ý kiến đánh giá để hoàn thiện bản thảo. Quy trình chỉnh sửa bản thảo có thể lặp đi lặp lại nhiều lần cho đến khi bản thảo được chấp nhận bởi các chuyên gia phản biện.

Bước 6: Khi bài báo đã được chỉnh sửa và được chấp nhận của các chuyên gia phản biện, Ban Biên tập tiến hành kiểm tra sự trùng lặp và gửi thông tin kết quả đến Tổng Biên tập xem xét quyết định chấp nhận đăng hay không. Nếu chấp nhận cho đăng sẽ sang bước tiếp theo. Nếu từ chối sẽ thông báo cho tác giả lý do cụ thể.

Bước 7: Bản thảo sau khi được chấp nhận đăng sẽ được ban Biên tập gửi người đọc kiểm tra (proofreader) tiêu đề, tóm tắt tiếng Anh (đối với bài báo tiếng Việt) và toàn bộ bài báo (đối với bài bằng tiếng Anh).

Bước 8: Ban Biên tập gửi lại tác giả yêu cầu chỉnh sửa sau khi đã đọc kiểm tra tiếng Anh. Sau khi nhận bản chỉnh sửa từ tác giả, Ban Biên tập tiến hành định dạng bài báo theo quy định của Tạp chí. Trong quá trình biên tập, nếu cần sửa chữa sẽ trao đổi lại với tác giả bản thảo.

Bước 9: Bản thảo sau khi định dạng hoàn chỉnh sẽ được gửi đến Tổng Biên tập xem xét quyết định cuối cùng trước khi xuất bản chính thức.

Bước 10: Xuất bản trực tuyến trên website tạp chí và in ấn, phát hành, lưu trữ đồng thời thông báo đến tác giả bài viết.